In seiner Spätphilosophie unternimmt Schelling den Versuch, einen überzeugenden Gottesbegriff zu entwickeln. Das System der positiven Philosophie beansprucht, eine „höhere Geschichte“ des göttlichen Seins darzustellen. Dieses ist kein bloßes Sein, es ist vielmehr „Leben“, welches sich als schöpferische Freiheit manifestiert. Gott ist „Geist und Leben“ oder ein „lebendiger Geist“, der nicht in seinem Sein verschlossen oder in sich fixiert bleibt. In diesem Von-sich-Hinwegkönnen besteht seine absolute Freiheit, in der er sich selbst als Schöpfer erkennt.

Der vollkommene Geist ist für Schelling nur der, „der an keine Form, an keine Gestalt gebunden ist, der nicht unum quid sein muß“. Der absolute Geist geht über alle Gestalten hinaus, auch von seiner Gestalt als das Geist-Sein, die ihm nur eine Form des Seins ist. Erst diese Freiheit „von sich selbst“ gibt ihm „die überschwängliche Freiheit“. Die absolute Transzendenz des Geistes ist seine absolute Freiheit „über alle Arten des Seins“, auch gegen sein Inneres. Absolute Freiheit ist absolute Existenzbemächtigung, totale Macht über die Existenz. In dieser Macht, das Sein zu setzen oder nicht zu setzen, ist Gott der „Herr des Seins“, d.h. der Herr über den theogonischen und kosmologischen Prozess.